Berdasarkan kepada peruntukan Perlembagaan Persekutuan yang memberi kuasa kepada Kerajaan Negeri mengenai keanggotaan, susunan dan tatacara Mahkamah Syariah, maka Jabatan Kehakiman Syariah Terengganu (JKSTR) perlu ditubuhkan secara berasingan dari Jabatan Hal Ehwal Agama Terengganu (JHEAT). Ekoran dari itu melalui Kebenaran Perjawatan Negeri Terengganu Bil. 2/1988, JKSTR  diasingkan dari JHEAT berkuatkuasa mulai 1 Januari 1988.

Pada permulaan penubuhan JKSTR, Pentadbiran JKSTR termasuk Dewan Bicara (Court House) bagi Mahkamah Rayuan Syariah, Mahkamah Tinggi Syariah dan Mahkamah Rendah Syariah Daerah Kuala Terengganu, telah ditempatkan di Tingkat 1, Wisma Negeri, Jalan Sultan Ismail, 20200 Kuala Terengganu. Sebagai langkah jangka pendek dalam menangani keperluan Court House dan keperluan sebuah jabatan, mulai 1 Julai 1994 Kerajaan Negeri bersetuju supaya Jabatan Kehakiman Syariah Terengganu menyewa di tingkat bawah Wisma Seri Amar, Jalan Sultan Ismail, Kuala Terengganu. Dengan menduduki premis yang disewa itu, sebanyak dua buah Court House dan ruangan Pentadbiran Jabatan telah dapat diadakan. Walaupun begitu, keadaan ini masih belum lagi dapat memenuhi permintaan semasa pelanggan Mahkamah Syariah.

Bagi langkah jangka panjang, dalam bulan September 1990, Jabatan Hal Ehwal Agama Terengganu telah mengemukakan satu cadangan agar sebuah bangunan khusus dibina untuk penempatan Mahkamah Syariah di Kuala Terengganu kepada Jawatankuasa Pemandu Perancangan dan Pelaksanaan Bangunan Pejabat Daerah dan Tanah Kuala Terengganu dan Kompleks Jabatan Hal Ehwal Agama, Majlis Agama Islam dan Adat Melayu Terengganu dan Perpustakaan Islam Terengganu, di bawah Unit Perancang Ekonomi Negeri. Cadangan tersebut telah dipersetujui, Project Brief Bangunan Mahkamah Syariah Kuala Terengganu pada peringkat awal disediakan oleh JHEAT.

Pada 4 Disember 1994 Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri didalam mesyuaratnya telah membuat pertimbangan diatas cadangan pembinaan Bangunan Baru Mahkamah Syariah Kuala Terengganu.

Akhirnya pada 2 Mei 2000,Jabatan Kehakiman Syariah telah beroperasi di bangunannya yang baru yang dinamakan Bangunan Mahkamah Syariah Terengganu, di Jalan Sultan Mohamad, 21100 Kuala Terengganu dan bersebelahan Kompleks Mahkamah (Sivil) Kuala Terengganu.Bangunan ini telah dirasmikan oleh DYMM. AI-Wathiqu Billah Al-Sultan Mizan Zainal Abidin Ibni AI-Marhum Al-Sultan Mahmud AI-Muktafi Billah Shah.

Mengikut peruntukan di dalam Enakmen Pentadbiran Hal Ehwal Agama Islam (Terengganu) 1986, [Enakmen Terengganu Bil. 12 Tahun 1986], Mahkamah Syariah di dalam negeri ini diwujudkan dalam tiga peringkat, dan pada masa ini dipecahkan kepada kedudukan  seperti berikut;

Tiap-tiap mahkamah yang tersebut itu dijadikan salah satu aktiviti/bahagian dalam Jabatan Kehakiman Syariah Negeri Terengganu (JKSTR), disamping aktiviti Khidmat Pengurusan, Kewangan dan Sumber Manusia, serta Unit Sulh.Oleh yang demikian JKSTR dipecahkan kepada  aktiviti/bahagian seperti berikut :-

• Bahagian Khidmat Pengurusan dan Sumber Manusia;
• Mahkamah Rayuan Syariah;
• Mahkamah Tinggi Syariah;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Besut;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Dungun;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Hulu Terengganu;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Kemaman;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Kuala Terengganu;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Marang;
• Mahkamah Rendah Syariah Daerah Setiu; dan
• Unit Sulh.

Enakmen Terengganu Bilangan 12 Tahun 1986 itu kemudiannya digantikan dengan Enakmen Mahkamah Syariah (Terengganu) 2001, berkuatkuasa mulai 1 haribulan Ogos 2002.